FARMAKOFOR
Farmakofor merupakan posisi geometric tiga dimensi dari gugus-gugus yang terdapat didalam suatu ligan yang membentuk suatu pola yang unik yang dapat dikenali olehreseptor secara spesifik yang bertanggung jawab terhadap proses pengikatan ligan Dengan suatu reseptor dan aktivasi reseptor tersebut (Dror et al., 2009).
Farmakofor menurut IUPAC adalah factor sterik dan elektronik yang diperlukan untuk memastikan terjadinya interaksi molekuler secara optimal Dengan struktur target biologis spesifik sebagai penginduksi atau penghambat respon biologis(Mannhold, et al, 2006).
Pemodelan farmakofor dapat digunakan untuk melakukan skrining senyawa-senyawa Dengan fitur-fitur tertentu secara cepat. Tujuan dari skrining virtual adalah untuk menemukan dan mengidentifikasi senyawa yang baru dan mempunyai aktifitas poten terhadap target yang dituju. Oleh karena itu, salah satu keberhasilan skrining virtual ditunjukan dengan ditemukannya senyawa-senyawa dengan kerangka struktur yang baru dan menarik (Costa, 2012).
Contoh : Study Farmakofor Reseptor COX-2 Sebagai Anti Inflamasi
Penentuan fitur farmakofor diawali dengan mensejajarkan seluruh protein yang diunduh dari situs RCSB. Tujuan dilakukannya pensejajaran tersebut adalah untuk mengetahui letak kesamaan struktur dari senyawa-senyawa ligan yang memiliki potensi sebagai inhibitor COX-2. Selanjutnya menjalankan pharmacophore query editor yang bertujuan untuk membuat fitur-fitur farmakofor .
Dilakukan virtual screening yang bertujuan untuk menemukan senyawa asal tanaman yang hit atau memiliki fitur yang mirip dengan fitur farmakofor ligan yang memiliki interaksi Dengan reseptor COX-2.
Daftar Pustaka
Costa, J.A., Lucas, F. Elizabete., G.C. Yure., dan R.E. Claudia. 2012. Evaluation Of Nanoemulsionsin The Cleaning of Polymeric Resins, Colloids and Surfaces. Physicochem. Eng. Aspects, 415, 112-118.
Dror,O., D. Schneidman., Y. Inbar. 2009. A Novel Approach for Efficient Pharmacophore-based Virtual Screening: Methide and Applications. J Chen Inf Model; 49(10): 2333-2343.
Mannhold, R., H.Kubinyi, G. Folkers . 2006. Pharmacophore and Pharmacophore Searches, Wiley- VCH, Weinheim 3.
Pertanyaan:
Bagaimana cara penyusunan query farmakofor ligan?
Bagaimana proses virtual screening dalam menemukan senyawa yang berpotensi sebagai obat?
Mengapa perlu dilakukannya study farmakofor?
Farmakofor merupakan posisi geometric tiga dimensi dari gugus-gugus yang terdapat didalam suatu ligan yang membentuk suatu pola yang unik yang dapat dikenali olehreseptor secara spesifik yang bertanggung jawab terhadap proses pengikatan ligan Dengan suatu reseptor dan aktivasi reseptor tersebut (Dror et al., 2009).
Farmakofor menurut IUPAC adalah factor sterik dan elektronik yang diperlukan untuk memastikan terjadinya interaksi molekuler secara optimal Dengan struktur target biologis spesifik sebagai penginduksi atau penghambat respon biologis(Mannhold, et al, 2006).
Pemodelan farmakofor dapat digunakan untuk melakukan skrining senyawa-senyawa Dengan fitur-fitur tertentu secara cepat. Tujuan dari skrining virtual adalah untuk menemukan dan mengidentifikasi senyawa yang baru dan mempunyai aktifitas poten terhadap target yang dituju. Oleh karena itu, salah satu keberhasilan skrining virtual ditunjukan dengan ditemukannya senyawa-senyawa dengan kerangka struktur yang baru dan menarik (Costa, 2012).
Contoh : Study Farmakofor Reseptor COX-2 Sebagai Anti Inflamasi
Penentuan fitur farmakofor diawali dengan mensejajarkan seluruh protein yang diunduh dari situs RCSB. Tujuan dilakukannya pensejajaran tersebut adalah untuk mengetahui letak kesamaan struktur dari senyawa-senyawa ligan yang memiliki potensi sebagai inhibitor COX-2. Selanjutnya menjalankan pharmacophore query editor yang bertujuan untuk membuat fitur-fitur farmakofor .
Dilakukan virtual screening yang bertujuan untuk menemukan senyawa asal tanaman yang hit atau memiliki fitur yang mirip dengan fitur farmakofor ligan yang memiliki interaksi Dengan reseptor COX-2.
Daftar Pustaka
Costa, J.A., Lucas, F. Elizabete., G.C. Yure., dan R.E. Claudia. 2012. Evaluation Of Nanoemulsionsin The Cleaning of Polymeric Resins, Colloids and Surfaces. Physicochem. Eng. Aspects, 415, 112-118.
Dror,O., D. Schneidman., Y. Inbar. 2009. A Novel Approach for Efficient Pharmacophore-based Virtual Screening: Methide and Applications. J Chen Inf Model; 49(10): 2333-2343.
Mannhold, R., H.Kubinyi, G. Folkers . 2006. Pharmacophore and Pharmacophore Searches, Wiley- VCH, Weinheim 3.
Pertanyaan:
Bagaimana cara penyusunan query farmakofor ligan?
Bagaimana proses virtual screening dalam menemukan senyawa yang berpotensi sebagai obat?
Mengapa perlu dilakukannya study farmakofor?
Hallo Nia.
BalasHapusArtikelnya sangat bermanfaat. Terimakasih.
Terimakasih telah berkunjung
HapusPemaparannya sangat bermanfaat untuk saya :)
BalasHapusTerimakasih telah berkunjung
HapusStudi Farmakopor penting untung penemuan struktur suatu obat
BalasHapusbagaimana cara menemukan struktur obat baru?
Hapushaii, saya akan mencoba menjawab pertanyaan knapa dilakukan studi farmakopor, salah satunya adalah untuk penemuan, mengidentifikasi obat atau senyawa baru. terimakasih :)
BalasHapusTerimakasih audia atas jawabannya
Hapushay bro,saya dian study farmakofor pelu dilakukan karena pharmacophores sangat penting dalam obat desain karena struktur reseptor yang ditargetkan sering tidak diketahui, tetapi sejumlah molekul yang berinteraksi dengan reseptor telah ditemukan oleh eksperimen. Sudah jelas bahwa teknik ini berguna dalam aplikasi lain seperti database molekuler skrining dan analisis lapangan molekuler komparatif. Tujuannya untuk mengoptimalkan modul dari sistem yang akan dilakukan eksperimen
BalasHapusterimakasih atas jawabannya... sangat membantu sekali
Hapus
BalasHapusdilakukannya study farmakopor untuk mendapat kan senyawa obat dan terhadap reseptor
Menurut saya study farmakofor itu bertujuan dalam kita menentukan atau identifikasi senyawa atau molekul obat terimaksih
BalasHapusbaik,,terimakasih atas jawabannya
HapusHai nia artikel yang sangat menarik. Menurut saya tujuan daru study farmakofor adalah kita dapat melakukan identifikasi senyawa obat. terimakasih
BalasHapushy niaartikel anda sangat membantu saya
BalasHapusterimakasih
Terimakasih sindy karna telah bekunjung
Hapus👍
BalasHapusHaii nia, pemaparan materi yg mudah di pahamin, shga sy bsa menjawab tgs2 sy,
BalasHapusTerimaksih yaa
Terimakasih telah berkunjung
HapusFarmakopor sangat bermanfaat dalam penentuan new drug
BalasHapusHai nia artikel yang sangat menarik. Menurut saya tujuan daru study farmakofor adalah kita dapat melakukan identifikasi senyawa obat. terimakasih
BalasHapusTerimakasih rizka atas jawabannya
Hapus