RAPID : Randomized Pharmacophore Identification for Drug Design
Rancangan obat rasional dapat dibagi menjadi dua syarat, yaitu:
b. Dicari gugus kimia spesifik yang berperan dalam interaksi antara protein target dan obat
2. Struktur molekul kecil yang sudah terbukti aktif (pharmacophore-based drug design), tahap umum:
a. Pengujian sifat/fitur molekul kecil inaktif dan fitur molekul kecil yang aktif
b. Menyusun hipotesis tentang gugus fungsi apa pada ligan yang dibutuhkan untuk aktivasi biologis, dan gugus fungsi apa yang menekan aktivitas biologis
c. Menyusun ligan baru dengan gugus fungsi/kimiawi yang diperlukan dengan profil 3D/ lokasi yang sama dengan ligan aktif.
DAFTAR PUSTAKA
Wermuth, G., C.R. Ganellin., P. Lindberg., L.A. Mitscher. 1998. Glossary of Terms Used in Medicinal Chemistry. Pure Appl Chem. 70, 1129-1143.
PERTANYAAN:
1. Bagaimana cara menentukan ikatan farmakofor?
2. Apa tujuan identifikasi farmakofor dalam menentukan rancangan obat baru?
3. Apakah ada metode lain yang bisa digunakan dalam merancang obat baru?
4. Apa kelebihan farmakofor dibandingkan dengan metode lain dalam merancang obat baru?
Farmakofor merupakan posisi geometric tiga dimensi dari gugus-gugus yang terdapat didalam suatu ligan yang membentuk suatu pola yang unik yang dapat dikenali oleh reseptor secara spesifik yang bertanggung jawab terhadap proses pengikatan ligan dengan suatu reseptor dan aktivasi reseptor tersebut (Dror et al., 2009).
Pemodelan farmakofor dapat digunakan untuk melakukan skrining senyawa-senyawa dengan fitur-fitur tertentu secara cepat. Tujuan dari skrining virtual adalah untuk menemukan dan mengidentifikasi senyawa yang baru dan mempunyai aktifitas poten terhadap target yang dituju. Oleh karena itu, salah satu keberhasilan skrining virtual ditunjukan dengan ditemukannya senyawa-senyawa dengan kerangka struktur yang baru dan menarik (Costa, 2012).
Terdapat beberapa macam fitur farmakofor yang biasa digunakan, yaitu diantaranya adalah donor ikatan hydrogen, akseptor ikatan hydrogen, hidrofobik, dan area-area yang terionisasi negative maupun positif. Sebuah fitur farmakofor menggambarkan sebuah sifat tertentu dan tidak terikat hanya oleh satu gugus tertentu saja. Dengan demikian, gugus-gugus yang mempunyai sifat yang sama akan mempunyai fitur farmakofor yang sama (Wermuth et al, 1998).
Adapun langkah-langkah untuk mendapatkan obat baru adalah:
Lead Discovery: identifikasi suatu senyawa yang mempunyai aktivitas biologis spesifik, sedangkan Lead Optimization: aktivitas dan sifat suatu senyawa diuji, kemudian baru dirancang dan disintesis untuk mendapatkan aktivitas yang diinginkan.
Rancangan obat rasional dapat dibagi menjadi dua syarat, yaitu:
1. Struktur 3 dimensi target biologis (receptor-based drug design), tahap umum:
a. Diuji struktur 3D dari target biologisb. Dicari gugus kimia spesifik yang berperan dalam interaksi antara protein target dan obat
c. Merancang kandidat obat baru yang mempunyai pola interaksi yang sama terhadap target biologis.
2. Struktur molekul kecil yang sudah terbukti aktif (pharmacophore-based drug design), tahap umum:
a. Pengujian sifat/fitur molekul kecil inaktif dan fitur molekul kecil yang aktif
b. Menyusun hipotesis tentang gugus fungsi apa pada ligan yang dibutuhkan untuk aktivasi biologis, dan gugus fungsi apa yang menekan aktivitas biologis
c. Menyusun ligan baru dengan gugus fungsi/kimiawi yang diperlukan dengan profil 3D/ lokasi yang sama dengan ligan aktif.
DAFTAR PUSTAKA
Costa, J.A., Lucas, F. Elizabete., G.C. Yure., dan R.E. Claudia. 2012. Evaluation Of Nanoemulsionsin The Cleaning of Polymeric Resins, Colloids and Surfaces. Physicochem. Eng. Aspects, 415,112-118.
Dror,O., D. Schneidman., Y. Inbar. 2009. A Novel Approach for Efficient Pharmacophore-based Virtual Screening: Methide and Applications. J Chen Inf Model;49(10): 2333-2343.
PERTANYAAN:
1. Bagaimana cara menentukan ikatan farmakofor?
2. Apa tujuan identifikasi farmakofor dalam menentukan rancangan obat baru?
3. Apakah ada metode lain yang bisa digunakan dalam merancang obat baru?
4. Apa kelebihan farmakofor dibandingkan dengan metode lain dalam merancang obat baru?
Postingan yg bermanfaat
BalasHapusMeurut saya jawaban No 1 yaitu
Menentukan ikatan farmakofor dapat dilakukan dengan mengamati struktur dari zat aktif itu sendiri dan mengidentifikasi jenis ikatan yang terjadi apakah ikatan yang terbentuk ikatan ion, donor ikatan hidrogen, akseptor ikatan hidrogen atau ikatan van der wall
Terimakasih atas jawabannya.
Hapusada sedikit tambahan ni,, apakah ikatan yang terbentuk itu hanya 1 jenis ikatan saja atau bisa lebih?
Saya setuju dengan yang dikatakan dengan nura sela maryani, menentukan ikatan farmakofor dapat dilakukan dengan mengamati struktur dari zat aktif itu sendiri dan mengidentifikasi ikatan yang terjadi apakah ikatan yang terbentuk ikatan ion dan lain lain
Hapusmenurut pendapat saya ikatan yang terbentuk tidak hanya 1 jenis ikatan saja,, apabila ada gugus lain dari senyawa yang mempunyai sifat yang sama dengan farmakofor juga dapat berikatan,, sehingga ikatan yang terbentuk bisa saja lebih dari 1 ikatan
HapusOh begitu,, terimakasih puti atas jawabannya sangat membantu sekali.
HapusHai kurnia,, terimakasih pemaparannya sangat bermanfaat sekali.
BalasHapusSaya coba jawab soal no 2:
Ada banyak program komputer yang bisa digunakan untuk merancang obat rasionalrasional diantaranya yaitu:
BIOCES : Biochemical expert system, yang digunakan untuk rekayasa protein dan kimia medisinal
MMMS: untuk model molekul, rancangan obat dan perhitungan kimia
GREEN : untuk studi struktur reseptor.
Terimakasih atas jawabannya semoga sama2 bermanfaat
Hapussaya akan menambahkan jawaban di atas, yaitu :
HapusRECEPT : untuk rasional superkomposisi molekul dan mapping resptor
EMIL : Example Medialed Innovation for Lead Evolution, untuk mencari evolusi atau rancangan anak
MMS-X : untuk rancangan obat,mapping reseptor dan analisiskonformasi
Baik, saya akan mencoba menjawab , jawaban no 3
BalasHapusmetoda lain yang bisa digunakan ada banyak salah satu nya dengan QSAR yang mempelajari hubungan kuantitatif struktur dan aktifitas dari senyawa obat itu sendiri
Hayy Nia sebelumnya saya juga setuju dengan lexsa dimana metode lain untuk mengembangkan suatu obat yaitu dengan bantuan komputer (Computer assited Drug Design = CADD)' terutama berhubungan dengan parameter kimia fisika yang terlibat dalam aktivitas obat,hubungan kuantitatif struktur-aktivitas dan model kimia kuantum atau perhitungan orbit molekul
HapusProgram komputer untuk rancangan obat rasional antara lain :
BIOCES : Biochemical Expert System, untuk model protein, rekayasa protein dan Kimia Medisinal2) CoMFA : Comparative Moleculer Field Analysis (SYBYL).3) EMIL : Example Mediated Innovation for Lead Evolution, untuk mencari evolusi atau rancangan analog.4) MMMS : untuk model molekul, rancangan obat dan perhitungan kimia kuantum.5) GREEN : untuk studi struktur reseptor6) RECEPT : untuk rasional superkomposisi molekul dan mapping reseptor7) MMS-X : untuk rancangan obat, mapping reseptor dan analisis konformasi
Program komputer untuk menghubungkan struktur molekul dengan aktivitas biologis antara lain :
ALS : Adaptive Least Square 2) LDA : Linear Discriminant Analysis3) SIMCA :Statistical Isolinear Multiple Compound Analysis4) LLM ;Linear Learning Machine5) SAS : Stat
Terimakasih dyah sudah melengkapi jawabannya,, sangat membantu sekali
HapusHai nia, saya akan mencoba menjawab no 4
BalasHapusStudi farmakofor tersebut sangat membantu dalam menemukan rancangan obat yang rasional sehingga dapat memberikan efek farmakologis yang baik dan meminimalkan efek samping yang mungkin akan terjadi
Baiklah,, tetapi untuk keunggulannya sendiri dibandingkan dengan metoda yang lain itu apa ya?
HapusBaiklah, saya akan menambahkan, untuk kelebihan farmakofor sendiri dibandingkan dengan metoda lain itu adalah pengerjaan nya dengan sistem komputerisasi sehingga waktu yang digunakan lebih singkat dan dapat meminimalisasikan efek samping dari obat yang dibentuk
Hapusohh begitu ya putri,, terimakasih sudah membantu
HapusAssalamualaikum wr.wb
BalasHapussaya ingin menjawab no 2. Tujuan dari identifikasi farmakofor adalah untuk menjelaskan struktur senyawa yang penting untuk pengikatan dengan reseptor dan menghasilkan farmakofor yang dapat digunakan untuk mengukur fitur struktur dari reseptor obat yang penting untuk aktivitas biologisnya dengan melihat aspek yang berperan terhadap proses pengikatannya
Terimakasih silvia,, sudah mau membantu
HapusAssalamualaikum wr wb.. Terimakasih sudah menulis kurnia ayasa, baiklah dsini sy akan mencoba menjawab pertanyaan no 2 Tujuan identifikasi farmakofor adalah untuk menemukan gugus penting yang berikatan dengan reseptor sehingga dapat dimodifikasi dan menghasilkan efek yang berbeda, Menemukan posisi relatif dalam ikatan gugus, Untuk mengetahui konformasi aktif, supaya dapat digunakan untuk mendesain obat dan juga untuk menemukan obat baru..
BalasHapusTerima kasih semoga jawaban sy dpt membantu anda..
Waalaikumsalam bella.. terimakasih atas jawabannya
HapusSaya setuju dengan jawaban Bella Pascila identifikasi farmakofor adalah untuk menemukan gugus penting yang berikatan dengan reseptor sehingga dapat dimodifikasi dan menghasilkan efek yang berbeda, Menemukan posisi relatif dalam ikatan gugus, Untuk mengetahui konformasi aktif, supaya dapat digunakan untuk mendesain obat dan juga untuk menemukan obat baru.
Hapusinformasinya sangat bermanfaat sekali,, hanya saja saya ingin bertanya sebenarnya apa hubungan dari farmakofor itu sendiri dengan senyawa obat?.
BalasHapusterima kasih
Baiklah,, saya akan coba menjawabnya. Farmakofor merupakan bagian penting dari suatu obat dimana bekerja dengan cara berikatan dengan molekul ligan untuk berinteraksi dengan target reseptor untuk bisa menghasilkan efek farmakologis.
HapusTulisannya sangat membantu sekali nian :)
HapusSaya ingin bertanya, apakah obat yg mekanisme kerjanya sama maka farmakofor nya juga sama??
Informasinya sangat bermanfaat,
BalasHapusAku akan mencoba menjawab no 4,mohon kritikan dan sarannya,
kelebihan metoda farmakofor dibandingkan dengan metoda lain adalah metode ini dilakukan secara komputerisasi sehingga waktu yang dibutuhkan untuk merancang obat baru lebih singkat dan juga akan meminimalisasikan kesalahan sehingga dapat mengurangi efek samping dari obat tersebut
baik terimakasih atas jawabannya
HapusIya , saya setuju dengan ap yang di bilang irma.,
HapusHay kurnia ayasa, jawaban no 3 ada beberapa metode lain yang bsa digunakan salah satunya dengan program komputer untuk menghubungkan struktur molekul yaitu SAS (Statistical Analysis System) dengan hasil perhitungan lebih valid dan reliabel sehingga memperkecil terjadinya kesalahan perhitungan pada analisa rancangan obat, . Semoga bermanfaat
BalasHapusTerimakasih atas jawabannya,, hanya mau menambahkan apakah penggunaan metode SAS itu lebih baik dari pada farmakofor?
HapusHai kurnia
BalasHapusSaya akan mencoba menjawab no 4.dimana tujuan farmakofor tersebut adalah untuk dapat melakukan skrining senyawa dari fitur tertentu dengan cepat.sehingga untuk menghasilkan obat baru tidak perlu membutuhkan waktu yang lama metode ini lebih efisien dari pada metode lainya
Hai juga kak ai,, terimakasih atas jawabannya
HapusTulisan nya sangat bermanfaat Nia. Kharina coba jawab pertanyaan no 3 ya. Kharin setuju dengan penyampaian lexsa Suntia Metode yang dapat digunakan selain identifikasi pharmachopor yaitu QSAR( Quantitativ structure and activity relationship). Yaitu metode yang mempelajari hubungan antara struktur molekul obat dan aktivitas farmakologisnya. Dengan menggunakan QSAR kita juga bisa mengubah gugus tertentu pada molekul obat. Tujuannya agar diperoleh efikasi dalam pengobatan, selain itu juga meminimalisir efek samping dari suatu obat.
BalasHapusTerimakasih kharina atas jawabannya
HapusBaiklah Kk akan mencoba menjawab pertanyaan yaitu Kita terlebih dahulu harus Menentukan ikatan farmakofor yang dapat dilakukan dengan mengamati dari struktur-struktur dari zat aktif itu sendiri dan mengidentifikasinya Dari jenis ikatan yang terjadi.
BalasHapusBaiklah Kk Akan mencoba menjawab yaitu Kita terlebih Dahulu harus Menentukan ikatan farmakofor dapat dilakukan dengan mengamati struktur-struktur dari zat aktif itu sendiri dan mengidentifikasinya Dari jenis ikatan yang terjadi.
BalasHapusTerimakasih kak roly,, sangat membantu sekali jawabannya
HapusHay kak Kurnia Ayasa, saya Lismiati mau bertanya dong kak. Sebenarnya apa sih tujuan utama mempelajari rapid itu kak?
BalasHapusHai juga lismiati..
HapusTujuan utama mempelajari rapid itu adalah untuk mendesain atau merancang obat baru maupun memodifikasi obat yang sudah ada yang didasarkan atas identifikasi farmakofor sehingga didapatkan rancangan obat yang memiliki efek farmakologis dan meminimalisasikan efek samping dari obat tersebut.
hallo kurnia.. saya akan mencoba menjawab soal nomor 2
BalasHapustujuan dilakukam indentifakasi farmkopor adalah untuk mengetahui mengetahui struktur reseptor yang ditargetkan tetapi tidak diketahui molekul yang berinteraksi dengan reseptor tersebut. selanjutnya indentifikasi farmakopor yairu untuk titik awal mengembangkan 3D QSAR
Halo juga bernike,, terimakasih atas jawabannya.
HapusHallo Nia, artikel yang sangat bermanfaat. Menurut saya ikatan farmakofor dapat ditentukan dengan cara melihat struktur dari zat aktif itu sendiri dan mengidentifikasi jenis ikatan yang terjadi apakah ikatan yang terbentuk ikatan ion, donor ikatan hidrogen, akseptor ikatan hidrogen atau ikatan van der wall
BalasHapusTerimakasih kak widya atas jawabannya
HapusHi kurnia, saya sependapat dengan widya, dimana untuk mengidentifikasi farmakofor itu dapat dilakukan dengan cara mengamati struktur dari zat aktif nya kemudian ditentukanlah ikatan yang terbentuk antara senyawa dan reseptor.
Hapushallooo nia, artikelnya sangat bermanfaat sekali. saya akan mencoba brtanya, apa saja contoh obat yang sudah diidentifikasi dg farmakofor ?? terimakasih, ditunggu jawabannya :)
BalasHapuscontohnya obat antihistamin
HapusAssalamualaikum,,hay nia
BalasHapusWaah pemaparannya sangat bermanfaat sekli,,oh ya saya akn mncoba mnjwab pertnyaan nmr 3 metode lain itu seperti BIOCES : Biochemical Expert System, untuk model protein, rekayasa protein dan Kimia Medisinal2) CoMFA : Comparative Moleculer Field Analysis (SYBYL).3) EMIL : Example Mediated Innovation for Lead Evolution, untuk mencari evolusi atau rancangan analog.4) MMMS : untuk model molekul, rancangan obat dan perhitungan kimia kuantum.5) GREEN : untuk studi struktur reseptor
Oke,, terimakasih dian atas jawabannya
HapusAssalamualaikum,,hay nia
BalasHapusWaah pemaparannya sangat bermanfaat sekli,,oh ya saya akn mncoba mnjwab pertnyaan nmr 3 metode lain itu seperti BIOCES : Biochemical Expert System, untuk model protein, rekayasa protein dan Kimia Medisinal2) CoMFA : Comparative Moleculer Field Analysis (SYBYL).3) EMIL : Example Mediated Innovation for Lead Evolution, untuk mencari evolusi atau rancangan analog.4) MMMS : untuk model molekul, rancangan obat dan perhitungan kimia kuantum.5) GREEN : untuk studi struktur reseptor
Halo nia
BalasHapusPenjelasannya sangat membantu
Terimakasih :)
BalasHapusmenurut sya tujuan
mengidentifikasi farmakofor suatu obat ini adalah untuk menentukan struktur 3 dimensinya sehingga dapat diketahui gugus fungsi yang mana yang kemungkinan berikatan dengan reseptornya.
terimakasih kak atas jawabannya
Hapushay nia, saya akan membantu menjawab pertanyaan nomor 1
BalasHapusMenentukan ikatan farmakofor dapat dilakukan dengan mengamati struktur dari zat aktif dan mengidentifikasi jenis ikatan terbentuk seperti ikatan ion, donor ikatan hidrogen, akseptor ikatan hidrogen atau ikatan van der wall
terimakasih..
Terimakasih atas jawabannya
HapusTerimakasih informasinya saudari Kurnia :)))
BalasHapusHai nia, saya akan mencoba menjawab no 4
BalasHapusStudi farmakofor tersebut sangat membantu dalam menemukan rancangan obat yang rasional sehingga dapat memberikan efek farmakologis yang baik dan meminimalkan efek samping yang mungkin akan terjadi
Terimakasih atas jawabannya
HapusHallo nia.
BalasHapusSaya akan menjawab pertanyaan nomor 3.
Metode lain yang bisa digunakan dalam merancang obat baru yaitu metode QSAR yang mempelajari hubungan kuantitatif struktur dan aktifitas dari senyawa obat itu sendiri.
Terimakasih.
Terimakasih yustika sudah melengkapi jawabannya
HapusHai nia saya coba bantu jawab ya.
BalasHapusMeurut saya jawaban No 1 yaitu
Menentukan ikatan farmakofor dapat dilakukan dengan mengamati struktur dari zat aktif itu sendiri dan mengidentifikasi jenis ikatan yang terjadi apakah ikatan yang terbentuk ikatan ion, donor ikatan hidrogen, akseptor ikatan hidrogen atau ikatan van der wall
Terimakasih atas pemaparannya
HapusArtikelnya mudah dipahami nih, jadi lebih gampang belajarnya, oh iya bisa disebutin ngga metode lain selain metode rapid ini?
BalasHapusUntuk metoda lain bisa dilihat dari komentar diatas
HapusBaik, saya akan mencoba menjawab , jawaban no 3
BalasHapusmetoda lain yang bisa digunakan ada banyak salah satu nya dengan QSAR yang mempelajari hubungan kuantitatif struktur dan aktifitas dari senyawa obat itu sendiri
Terimakasih atas jawabannya ovi
HapusHai nia saya coba bantu jawab ya.
BalasHapusMeurut saya jawaban No 1 yaitu
Menentukan ikatan farmakofor dapat dilakukan dengan mengamati struktur dari zat aktif itu sendiri dan mengidentifikasi jenis ikatan yang terjadi apakah ikatan yang terbentuk ikatan ion, donor ikatan hidrogen, akseptor ikatan hidrogen atau ikatan van der wall
Terimakasih halimah atas jawabannya
HapusArtikel yang bagus, semoga bermanfaat buat kita semuaa
BalasHapusTerimakasih rizka atas kunjungannya
Hapus